1.2 Pour commencer

1.2.1 Travailler avec le SNSF

1.2.1.1 Installation R et RStudio

Le traitement des données au sein du SNSF est principalement basé sur les scripts R (R Project for Statistical Computing). Pour pouvoir travailler avec ces scripts, vous devez disposer d’une installation de R. En outre, l’installation des paquets suivants est nécessaire dans R :

install.packages("sp", "rgdal", "raster", "randomForest", "caret", "openxlsx", 
                 "dplyr", "tidyr", "ggplot2", "foreach", "doParallel", "knitr", 
                 "rmarkdown", "tinytex")

Les scripts R dépendent des fois des outils GDAL disponible dans l’environnement. Sur les systèmes Linux, ceux-ci peuvent être installés en utilisant `apt-get install python-gdal’.

Comme interface utilisateur graphique pour R, nous recommandons l’installation de RStudio.

1.2.1.2 Se connecter avec GitHub

Le code SNSF-Togo se trouve sur un dépôt du code GitHub (https://github.com/ogardi/SNSF-Togo). Pour copier le code sur votre ordinateur, vous pouvez dans RStudio créer un nouveau projet à partir d’un dépôt Git comme illustré dans la figure ci-dessous.

Git vous permet de vous synchroniser avec le dépôt sur GitHub. En appuyant sur le bouton “Pull” (point 1. dans la figure ci-dessous), vous mettez à jour votre code local avec le dépôt du code sur GitHub.

Pour modifier vous-même le code sur GitHub, vous devez disposer d’un compte GitHub et d’une autorisation du gestionnaire du dépôt. La procédure à suivre pour apporter des modifications au code est la suivante.

Avant faire des modifications dans le code:

1. synchroniser avec le dépôt sur GitHub en utilisant le bouton “Pull” (tirer)

De temps en temps, pendant le travail:

2. confirmer les modifications apportées au code en appuyant sur le bouton “Commit”. Une nouvelle fenêtre s’ouvrira.

3. sélectionner les fichiers à confirmer (CTRL-A) et les marquer (ESPACE)

4. joindre un message (ce qui a été modifié)

5. confirmer les modifications apportées au code en appuyant sur le bouton “Commit” (confirmer)

6. synchroniser de nouveau avec GitHub (et résoudre les éventuels conflits)

7. télécharger les modifications sur GitHub en utilisant le bouton “Push” (pousser)

1.2.1.3 Travailler sur la documentation

Ce manuel de référence fait également partie du dépôt du code sur GitHub. Cela signifie que pour réviser la documentation, vous devez procéder comme décrit ci-dessus.

La documentation a été créée dans Markdown, une syntaxe simple pour la structuration et le formatage des documents. Ces documents Markdown sont ensuite traduits en HTML par le paquet R knitr pour générer un site web.

Le répertoire 04_Manuel contient les documents Markdown (fichiers .Rmd), le répertoire docs contient le site web résultant (fichiers .html).

Dans RStudio, le site web peut être généré en utilisant le bouton “Build Book”. Pour ce faire, il faut d’abord spécifier le répertoire dans lequel se trouvent les fichiers Markdown dans les configurations, comme indiqué dans la figure ci-dessous.